2023年8月,实验室研究员陈鲲淇与西交利物浦大学魏震博士合作,发表研究论文:m6A-Atlas v2.0: updated resources for unravelling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome among multiple species,收录于《Nucleic Acids Research》杂志(IF=14.9,中科院升级版2区,top期刊)。
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物mRNA上最丰富的内部化学修饰之一,参与许多重要的分子功能和生物过程。为了便于研究这一重要的转录后修饰,陈鲲淇等在2021年发布了m6A-Atlas数据库(doi: 10.1093/nar/gkaa692)。该工作自发表以来受到领域的大量关注,为m6A修饰的研究提供基础线索,目前已被引用150余次,入选ESI高被引杂志。
更新的数据库(m6A-Atlas v2.0)包含了13种高分辨率技术下的797091个可靠m6A位点和两个单细胞m6A测序结果。此外,使用3种方法(exomePeaks2, MACS2和TRESS)从42个物种651个条件下的2712个MeRIP-seq实验中鉴定出超过1600万个m6A富集峰,并首次提供了各种实验组的数据质量控制,帮助用户选择可靠的峰值。研究者还估计了19个物种在172个实验条件下的条件特异性定量m6A谱(即差异甲基化)。为了深入了解潜在的功能通路,研究者整合了m6A表转录组学与RNA结合蛋白和miRNA相互作用,潜在的连接剪接事件和单核苷酸多态性。收集的m6A站点及其功能注释可以通过图形界面http://rnamd.org/m6a自由查询和下载。
消化道恶性肿瘤教育部重点实验室为该论文的第一单位,陈鲲淇为本文最后通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、j9九游会和西交利物浦大学的资助。