2020年9月Frontiers in Genetics杂志(JCR生物2区,IF=3.258)发表了曾宪长、张璐题为“Screening and Identification of Potential Biomarkers in Hepatitis B Virus-Related Hepatocellular Carcinoma by Bioinformatics Analysis”的研究论文,通过生物信息学分析筛选和鉴定乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的潜在生物标志物。
肝细胞癌(HCC)是最常见的原发性肝脏恶性肿瘤,在亚洲国家,大多数HCC病例与慢性HBV感染有关,具有高复发率和耐药性。本研究通过生物信息学分析筛选与HBV感染相关的HCC预后基因和治疗靶标,并由此分析HBV相关HCC可能的发生发展机制。从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载三个基于高通量测序的原始数据集,即GSE25599,GSE77509和GSE94660;从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载另外一个高通量测序原始数据集。分析得到103个上调基因与127个下调基因共230个差异表达基因;使用Cytoscape软件建立了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并选择了12个关键节点基因;进行功能和途径富集分析,结果表明:细胞周期、有丝分裂核分裂、p53信号通路在HBV相关HCC进程中起重要作用。其中,驱动蛋白家族成员11(KIF11)、TPX2微管成核因子(TPX2)、驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)和细胞周期蛋白B2(CCNB2)为独立预后基因,上述四个基因在HCC的表达水平高于正常组织,它们可能可用作HBV相关HCC新的生物标志物,有助于其早期诊断和预后判断,且有助于我们更好地理解HBV相关的HCC的潜在发病机制。
曾宪长、张璐为本文第一作者,林旭、陈婉南为本文通讯作者。该项目得到了国家自然科学基金、福建省科技创新联合资金等基金资助。