近期，重点实验室生物信息学课题组在个体化肿瘤分子标志物研究中取得较大的进展。2016年1-9月份，已在Oncotarget（JCR医学1区，4篇）、Briefings in Bioinformatics（JCR数学与计算生物学 1区，2篇）、Scientific Reports（JCR综合性期刊 2区）、Oncogenesis（2篇，2015 SCI 影响因子为5.021）、MolecularCarcinogenesis（JCR医学3区）发表系列论文11篇，其中5篇与哈医大合作完成。目前还有一系列论文已经投稿，部分已经修回。这些论文分别采用课题组独创的方法，识别了胃癌的转移标志与耐药标志、早期结肠癌的术后复发风险标志与耐药标志、早期肝癌的术后复发风险标志及肺癌、乳腺癌的各类预后标志，并发展了独创的个体化差异表达基因与肿瘤通路的分析方法。
生物信息学课题组首次揭示了一个重要的生物学现象：在某一特定的正常组织中，尽管基因表达水平存在很大的个体间差异，但是其在每个正常组织样本内的相对大小秩序关系高度稳定，而在相应的肿瘤组织中广泛地逆转。这一有趣的生物学现象提示：在不同的个体间，一类组织（如正常组织）中的基因表达模式并非“全等”的关系，而是“相似”的关系，即在特定的正常或疾病状态下，基因的表达水平存在一定的比例大小制约关系，以协调完成某一正常或疾病状态下所需要的特定的功能。因此，应该按照类似于几何学的相似性分析方法，侧重于比较个体间基因表达的相对大小关系，而不应该基于基因表达水平在一类个体间是“全等+随机扰动”的错误假设。据此，课题组开发了全新的识别个体化差异表达基因（即每个癌组织样本相对其癌变前的正常状态差异改变的基因）的算法。基于此新概念，课题组识别了一系列肿瘤的各类分子标志。这类新型的分子标志高度准确、稳健，在由世界不同的实验室采用不同的检测平台检测的样本中都得到了验证，具有很好的临床转化价值。目前课题组已开始启动临床转化应用这些标志的技术准备工作。
课题组的敖露博士等为这些论文的第一作者，郭政为系列论文的通讯作者，课题组的教师、博士生、硕士生及生物信息学本科生创新小组参与了系列课题的研究。该系列研究得到了多项国家自然科学基金等基金资助。
生物信息学课题组2016年1-9月已发表论文目录
1．M Tong,W Zheng, H Li1, X Li,L Ao, Y Shen, Q Liang, J Li, G Hong1, H Yan1, H Cai1, M Li,Q Guan and Z Guo .Multi-omics landscapes of colorectal cancersubtypes discriminated by an individualized prognostic signature for5-fluorouracil-based chemotherapy. Oncogenesis (2016) 5, e242（2015SCI IF=5.021;尚未分区）
2．Q. Guan, R Chen, H. Yan, Cai, H., Y. Guo, M. Li, X. Li, M. Tong, L. Ao, H. Li, G. Hong, Z. Guo,Differential expression analysis for individual cancer samples based on robust withinsample relative gene expression orderings across multiple profiling platforms.Oncotarget, 2016Sep 13. doi: 10.18632/oncotarget.11996. （JCR医学1区）（2015SCI IF=5.008）
3． Li, M., G. Hong, J. Cheng, J. Li, H. Cai, X. Li, Q. Guan, M. Tong, H. Li, and Z. Guo, IdentifyingReproducible Molecular Biomarkers for Gastric Cancer Metastasis with the Aid of RecurrenceInformation. Sci Rep, 2016. 6: p. 24869.（JCR综合性期刊 2区）
4．Lu Ao, XuekunSong, Xiangyu Li, Mengsha Tong, You Guo, Jing Li, Hongdong Li, Hao Cai, MengyaoLi, Qingzhou Guan, Haidan Yan, Zheng Guo. An individualized prognostic signature andmulti-omics distinction for early stage hepatocellular carcinoma patients withsurgical resection. Oncotarget.2016,Apr 26;7(17):24097-110.（JCR医学1区）（2015SCI IF=5.008）
5．XiangyuLi, Hao Cai, Weicheng Zheng, Mengsha Tong, Hongdong Li, Lu Ao,Jing Li, Guini Hong, Mengyao Li, Qingzhou Guan, Shen Yang, Da Yang, XuLin, Zheng Guo .An individualized prognostic signature for gastric cancer patients treated with 5-Fluorouracil-basedchemotherapy and distinct multi-omics characteristicsof prognostic groups. Oncotarget. 2016 Feb23;7(8):8743-55. （JCR医学1区）（2015SCI IF=5.008）
6．HaoCai, Xiangyu Li, Jing Li, Lu Ao, Haidan Yan, Mengsha Tong, Qingzhou Guan,Mengyao Li, Zheng Guo*. Tamoxifen therapy benefit predictive signature coupled withprognostic signature of post-operative recurrent risk for early stage ER+breast cancer. Oncotarget. 2015 Dec29;6(42):44593-608.（JCR医学1区）（2015SCI IF=5.008）
7．FuduanPeng, Yuanyuan Zhang, Ruiping Wang, Wenbin Zhou, Zhangxiang Zhao, Haihai Liang,Lishuang Qi, Wenyuan Zhao, Hongwei Wang, Chenguang Wang, Zheng Guo*, YunyanGu*. Identification of differentially expressed miRNAs in individual breastcancer patient and application in personalized medicine. Oncogenesis, 2016, Feb15;5:e194.（2015 SCI IF=5.021）
8．WenyuanZhao, Beibei Chen, Xin Guo, Ruiping Wang, Zhiqiang Chang, Yu Dong, Kai Song,Wen Wang, Lishuang Qi, Yunyan Gu, Chenguang Wang, Da Yang* and Zheng Guo*, ARank-based Transcriptional Signature for Predicting Relapse Risk of Stage IIColorectal Cancer Identified with Proper Data Sources, Oncotarget,2016 Apr 5;7(14):19060-71.（JCR医学1区）（2015SCI IF=5.008）
9．LishuangQi, Libin Chen, Yang Li, Yuan Qin, Rufei Pan, Wenyuan Zhao, Yunyan Gu, HongweiWang, Ruiping Wang, Xiangqi Chen* and Zheng Guo*: Critical limitations ofprognostic signatures based on risk scores summarized from gene expressionlevels: a case study for resected stage I non-small-cell lung cancer. Briefingsin Bioinformatics. 2016 Mar;17(2):233-42. (SCI IF=9.62)（JCR数学与计算生物学 1区）（2015SCI IF=8.399）
10．HongweiWang, Hao Cai, Lu Ao, HaidanYan, Wenyuan Zhao, Lishuang Qi, Yunyan Gu and Zheng Guo*: Individualized identification ofdisease-associated pathways with disrupted coordination of gene expression.Briefings in Bioinformatics. 2016 Jan;17(1):78-87.（JCR数学与计算生物学 1区）（2015 SCI IF=8.399）
11．Yunyan Gu(*),Pengfei Li, Fuduan Peng, Mengmeng Zhang, Yuanyan Zhang, Haihai Liang, WenyuanZhao, Lishuang Qi, Hongwei Wang, Chenguang Wang, Zheng Guo(*).Autophagy-related prognostic signature for breast cancer. MolecularCarcinogenesis. 2016；55(3):292-299.(SCI, IF=4.808) （JCR医学3区）（2015SCI IF=4.722）
